קיימת טעות הנפוצה אף בין המתמחים בתחום המס, לפיה על עסקת אקראי בעלת אופי מסחרי במקרקעין, מוטל מע"מ. אולם, המצב החוקי הנכון איננו כך. עסקת אקראי בעלת אופי מסחרי ממהותה הינה עסקה בה, לדוגמא, אדם פרטי בעל מיומנות ובקיאות בתחום המקרקעין, כדוגמת מהנדס בניין, אדריכל, או עו"ד המתמחה בדיני מקרקעין, קונה קרקע, מפתח אותה, לרבות ייזום של התב"ע, ותוך זמן קצר אחרי השבחתה של הקרקע מוכר אותה ברווח ניכר.
כך היה הדבר בפרשת ברעלי (ע"א 53/67) וכך קורה גם במקרים אחרים. עם זאת ולמרות שעסקה כזו, כמתואר לעיל, יוצאת מגדרו של חוק מס שבח מקרקעין ונופלת לפתחה של פקודת מס הכנסה, אין היא עסקה חייבת מע"מ, כי לא די בעסקת אקראי לשם החבות במע"מ, אלא יש צורך בניהול עסק לשם החבות במס.
מהו ההסבר? בחוק מע"מ הוגדרו עסקאות חייבות במע"מ במקרקעין לפי זהות המוכר אם הינו בעל עסק במקרקעין, או לפי סיווג קונה המקרקעין כעוסק, מלכ"ר או מוסד כספי. לגבי מכירה למלכ"ר או מוסד כספי ניתנה הקלה כך, שמכירה של דירת מגורים להם איננה חייבת במע"מ על ידם. נציין גם כי חלופת הגדרת "עסקה" בחוק מע"מ כ"עסקת אקראי בעלת אופי מסחרי" אינה חלה, החל מתיקון 3 לחוק, על מכירת מקרקעין, וזאת להבדיל ממכירת טובין או מתן שירות.
בחינה של כל האמור מובילה למסקנה, כי עסקת אקראי במקרקעין על ידי יחיד, אדם פרטי, איננה חייבת במע"מ (כתלות בזהות הקונה). משמע, יחיד שבונה דירות מגורים פרטיות ולהפתעתו מחויב במס הכנסה במסגרת הליכי שומה רגילים ונשלל לו הפטור במס שבח, חושש בדרך כלל מכך, שבעקבות חיוב במס הכנסה יחויב גם בתשלום ביטוח לאומי ומע"מ.
הדבר איננו מדויק כאשר מדובר בחיוב בגין עסקת אקראי: עסקה כזו תחויב במס הכנסה אך לא תחויב במע"מ. יוצא, אפוא, שקבלן המייחד לעצמו פנטהאוז בבניין שבנה, ומוכר אותו בפטור עם השלמת הבניין, עלול להתחייב במס הכנסה בגין עסקת אקראי. אבל, אם אותו אדם בעצמו, כבעל חברה קבלנית, איננו רשום כעוסק, אותו אדם איננו חשוף לחיוב במע"מ בגין מכירת דירת המגורים.
לאור האמור לעיל נשאלת השאלה, מהו הגבול בין הפטור במס שבח לבין החיוב במס הכנסה "כעסקת אקראי" והחיוב במס הכנסה כבעל "עסק". לפי הילכת ריטה הירשפלד (ע"ש 392/80), מכירה של 10-6 דירות שנתקבלו בקומבינציה על ידי בעל הקרקע יכולה לחמוק מהחיוב במע"מ ובמס הכנסה, שכן כמות דירות כזו אינה מהווה עסקת אקראי לצורכי מס הכנסה ולכן גם לצורכי מע"מ (לפי נוסח החוק שלפני תיקון 3 אשר כלל "עסקת אקראי בעלת אופי מסחרי" במקרקעין כ"עסקה"
לעניין חוק מע"מ). כיום, אף ללא פסק דין זה, ניתן להימנע מהחיוב במע"מ, שכן, כאמור, עסקת אקראי בעלת אופי מסחרי - המחויבת במס הכנסה - אינה מהווה עסקה לצורך חוק מע"מ באם נמכרים מקרקעין בה.
יוצא אם כן, שמבחינת רשויות מס הכנסה, להבדיל ממע"מ, קיימת אדישות לשאלת החיוב כ"עסקת אקראי" או כ"עסק", ויש לרשויות מס ההכנסה אף יתרונות מיסוי בחיוב של מכירת דירות כעסקת אקראי. לדוגמא: חוסר האפשרות החוקית של הנישום לקזז הפסדים משנים קודמות כנגד רווחים מעסקת אקראי, זאת להבדיל מהאפשרות לקיזוז הפסדי הון משנים קודמות כנגד מכירת דירה חייבת במס שבח, או קיזוז הפסדים עסקיים כנגד מכירת דירה החייבת כהכנסה מעסק במס הכנסה.
משמע, פשרה עם רשויות מס הכנסה על חיוב מכירת דירות בעילת עסקת אקראי תשרת את רשויות מס הכנסה ותמנע הטלת מע"מ (רשויות מע"מ וביטוח לאומי מחויבות לפעול פי סיווג רשויות מס ההכנסה את העסקה - כפי שנקבע בפס"ד גדות תעשיות פטרוכימיות נ' המוסד לבטוח לאומי). מע"מ, מצידו, נוטה לראות במכירה של עד 10 דירות כעסקת אקראי פטורה (בהתאם לפס"ד ריטה הירשפלד), ומעבר לכך כעסק במקרקעין החייב במע"מ.
קביעה זו אינה תמיד מתיישבת עם הדין, ויש לבחון את הסיווג לעניין מע"מ בהתאם לסיווג כ"עסק" לצורך מס הכנסה, כאמור לעיל, וזאת על-פי מבחני ה"עסק" שנקבעו למשל בפס"ד אלמור.